Pelo menos no iOS, a PWA é bastante rápida e fluida.

O motivo de eu neste momento preferir a PWA é devido à privacidade. Os utilizadores têm maior controlo sobre isso do que as apps nativas (é por isso que Reddit, Facebook e afins querem que os utilizadores usem as apps nativas). E nas PWA o teu controlo pode ser aumentado com o uso de extensões no browser (no iOS tens que usar Safari para ter este controlo, e no Android sei que o Firefox permite isso, embora salvo erro o browser da Samsung também permite instalar extensões).

Não quer dizer que não haja tracking com o browser (e não é pouco), mas o nível de acesso/controlo do sistema é diferente do que usar uma nativa. É por causa disso que tens nas AppStore e PlayStore uma descrição acerca das permissões (geralmente abusivas) que as apps usam.

Aliás, é devido a este controlo que utilizador ainda tem, que a Google quer implementar o ManifestV3 e DRM na Web.

Estes problemas, infelizmente passam ao lado dos utilizadores normais, mas estas decisões são premeditadas e é mais um prego numa Internet cada vez mais autoritária e sem liberdade…

TLDR: Há vantagens em ambas, mas (ainda) tens maior controlo sobre as páginas que visitas, usando um browser.